Logotip kluba je redizajn tipičnog ustaškog znaka iz Drugog svetskog rata, a na zvaničnoj Fejsbuk stranici često se ističu ustaški motivi, gde je jedan od omiljenih likova Jure Francetić, komandant Crne legije, odgovoran za pokolj i progon Srba i Jevreja tokom Drugog svetskog rata.
Hrvatski mediji su otkrili da je klub registrovan na istoj adresi gde i lokalna splitska kancelarija Hrvatske čiste stranke prava koja baštini ustašku ideologiju.
Sve ovo nije bilo dovoljno da se rad kluba zabrani, iako su reagovali pojedini mediji i deo javnosti u Hrvatskoj.
Policijska uprava Splita nije videla ništa sporno u radu kluba i izgledu grba, ali će ova priča dobiti nastavak pošto je Ivan Klarin, član Socijaldemokratske stranke Hrvatske, čiji je predsednik premijer Zoran Milanović, poslao otvoreno pismo predsedniku Fudbalskog saveza Hrvatske Davoru Šukeru u kome ga obaveštava da će "Ustaniku" biti zabranjen nastup u sportskoj dvorani u mestu Tisno, gde početkom januara treba da igra utakmicu u okviru svoje lige.
"Obzirom na upozorenja pojedinih sportskih radnika, a i prema našem internom uvidu, MNK Ustanik Split u svom službenom sportskom grbu kao i drugim obeležjima kluba veličaju Nezavisnu državu Hrvatsku (NDH), koristeći veći deo zabranjene ikonografije što je suprotno pozitivnim pravnim propisima Republike Hrvatske. Shodno navedenom obrazloženju, ne želeći da ugrozimo takmičenje u Drugoj ligi hrvatske lige malog fudbala - Jug, na vreme vas obaveštavamo da sportska dvorana Tisno neće niti na jednoj od utakmica, kao sportska dvorana u kojoj se održava deo lige, biti domaćin utakmica na kojoj se pojavljuje MNK Ustanik, sve do trenutka promene, po nama, zabranjene ikonografije u Republici Hrvatskoj. Ustanik neće igrati ni u dvorani, niti na naša dva igrališta na otvorenom, dok god ne uklone ustaški grb. O tome sam obavestio i sekretara kluba, kao i predsednika Saveza Šukera", napisao je Klarin Šukeru.