Osumnjičeni je pod istragom Tužilaštva BiH i tereti se da je kao komandant policijskih snaga, na dužnosti komandira Policijske stanice Skelani i komandira Šeste čete Posebnih jedinica policije (PJP) zločin protiv čovečnosti nad žrtvama bošnjačke nacionalnosti, nakon pada zaštićene zone Srebrenica u julu 1995. godine, navodi se u saopštenju Tužilaštva BiH.
Tužilaštvo BiH Bogdanovića tereti da je bio učesnik "udruženog zločinačkog poduhvata, tokom kojeg su pripadnici Vojske RS i MUP-a RS preduzimali širok i sistematičan napad, usmeren protiv bošnjačkog civilnog stanovništva zaštićene zone UN Srebrenica, u sklopu kojeg je do 40.000 bošnjačkih civila prisilno preseljeno iz enklave Srebrenica, a više od 8.000 muškaraca i dečaka Bošnjaka pogubljeno po kratkom postupku i pokopano u masovne grobnice".
Bogdanović je osumnjičen da je kao komandir Šeste čete PJP koordinirao i zapovedao snagama policije koje su na području Konjević Polja zarobljavale bošnjačke muškarce i dečake posle pada Srebrenice. Ta četa je, kako se dalje navodi, odvajala muškarace od žena, dece i staraca.
Posle zarobljavanja zatočenici su odvedeni u pravcu stadiona u Novoj Kasabi, a deo njih je odveden u komandu 6. čete, gde su mučeni i ispitivani, a posle toga su vojnoj policiji predali oko 500 osoba bošnjačke nacionalnosti, koji su odvedeni na egzekucije na drugim lokacijama. Pripadnici vojne policije su odveli jednu grupu od 16 zatočenika koji su prethodno mučeni i premlaćivani, na lokalitet Kušlat, gde su streljani iz vatrenog oružja.
"Samo jedna žrtva je preživela streljanje", navelo je Tužilaštvo BiH.
Bogdanović se tereti i za nezakonito zatvaranje pet osoba bošnjačke nacionalnosti koje su pripadnici Policijske stanice Skelani držali u nečovečnim uslovima oko tri meseca, terali na prinudne radove, posle čega su nestali pod nepoznatim okolnostima i gubi im se svaki trag.
On se tereti i za nestanak dva civila bošnjačke nacionalnosti koje su pripadnici te policijske stanice preuzeli od policije iz Bajine Bašte u Srbiji 20. jula 1995, posle čega im se gubi svaki trag, da bi posle rata bili pronadjeni i ekshumirani u masovnoj grobnici Glogova.