Rođen je kao plemić. Njegov otac Teodor je bio visoki činovnik na carskom dvoru, i bio je veoma bogat. Nikifor je službovao nekoliko godina na dvoru u istom zvanju kao i njegov otac. Ali je ostavio dvor i udaljio se do obale Bosfora i tamo sagradio manastir.
Manastir mu se ubrzo napunio monasima, a on je upravljao manastirom ne primajući monaštva pod izgovorom da je nedostojan, iako je hrišćanskim životom u služio kao uzor monasima. Učestvovao je pre toga na Sedmom vaseljenskom saboru kao mirjanin (svetovnjak), po volji cara i patrijarha, i istakao se na Saboru svojim izvrsnim poznavanjem Svetoga pisma.
Kada je umro patrijarh Tarasije, Nikifor je izabran za patrijarha i protiv svoje volje. Odmah po izboru primio je monaški čin i sve ostale činove redom. Ustoličen je u Svetoj Sofiji kao patrijarh 806. godine. To je bilo za vreme vladavine cara Nikifora, koji je ubrzo po tom otišao u rat protiv Bugara, i poginuo. Njegov sin Stavrikije vladao je samo dva meseca, pa umro. Posle ovoga zacario se car Mihail, prozvani Rankaba, ali vladao je samo dve godine, dok ga Lav V Jermenin nije zbacio sa prestola i prognao.
Kada se Lav zacario, poslao mu je patrijarh knjigu o Pravoslavnom Veroispovedanju da potpiše (po običaju svih vizantijskih careva, što se smatralo zakletvom da će se držati i braniti pravoslavlje). Car nije potpisao knjigu, nego je odloži to do krunisanja. A kada ga je patrijarh Nikifor krunisao, on je odbio da potpiše onu knjigu, i ubrzo se saznalo da je ikonoborac. Patrijarh je pokušao da ga posavetuje i povrati hrišćanstvu, ali uzalud. Car je nasilno izagnao Nikifora na ostrvo Prokonis gde je u bedi i proveo trinaest godina. Preminuo je u izgnanstvu 827. godine. Kao patrijarh upravljao je Crkvom devet godina.
Srpska pravoslavna crkva slavi ga 13. marta i 2. juna po crkvenom, a 26. marta i 15. juna po gregorijanskom kalendaru.