Bio je peto od osmoro dece u imućnoj seljačkoj porodici. Sam je često navodio da je njegova majka Barbara bila vrlo religiozna osoba i da je to imalo velikog uticaja na njegov život.
Gimnaziju u Zagrebu pohađao je do 1916, kada je regrutovan. Prvobitno se borio na italijanskom frontu u austrougarskoj armiji, ali je zatim ranjen i zarobljen 1918. Čim je čuo da se organizuje Jugoslovenska legija, javio se kao dobrovoljac. U tim jedinicama stigao je i do Solunskog fronta, ali kada je ovaj već bio probijen. Posle oslobođenja služio je kao oficir u Vranju, Gnjilanu i Prištini.
U svom dnevniku kasnije je zapisao da je tada zavoleo Srbe kao "narod dobronamernih seljaka", zbog toga je "posebno žalio" smatrajući da "Srpska pravoslavna crkva tom narodu ne pruža autentičnu duhovnost".
Posle rata Stepinac bezuspešno pokušava da studira poljoprivredu, pa se vraća kući, gde se verio i bavio poljoprivredom.
Pod uticajem profesora Josipa Lončarevića ponovo će pokušati sa studijama, samo ovog puta veronauke. U Rimu je sedam godina studirao filozofiju i teologiju i uradio dva doktorata, ali i naučio da govori i piše italijanski, francuski, nemački i latinski. Postao je štićenik jezuitskog reda, pa je po povratku u Zagreb, gde je postao sveštenik, brzo napredovao. Nakon povratka u Hrvatsku bio je zamenik zagrebačkog nadbiskupa Bauera, koga će posle smrti i naslediti.
Zanimljivo je da je tada i kralj Aleksandar dopustio da Stepinac postane nadbiskup jer je smatrao da je dobrovoljac sa Solunskog fronta sigurno jugoslovenski orijentisan, iako je on u to vreme promenio ideologiju i postao veliki hrvatski nacionalista. Njegovo viđenje Srba postaje posebno negativno nakon konkordatske krize i krvavih litija, kao i 27. marta 1941. Posle demonstracija i vojnog udara protiv Trojnog pakta poručuje da su "Srbija i Hrvatska dva sveta koja se ne mogu spojiti". U dnevničkoj belešci od 5. aprila tvrdi da su proteste zajedno pokrenuli "slobodni zidari (masoni), Srpska pravoslavna crkva, židovske organizacije, 'sokoli' i komunisti".
Kada je 10. aprila proglašena Nezavisna država Hrvatska, Stepinac je ustašku vlast prihvatio kao legitimnu. U čast novih vlasti u crkvi je služen Ta Deum, koji je Stepinac odobrio iako sam nije vršio službu.